Perusaan yang mengelola budi daya ikan tawar yang memiliki 1.347 unit Keramba Jaring Apung (KJA) untuk budidaya ikan, dengan memanfaatkan total luas kawasan Danau Toba sekitar 9,06 hektar. Perusahaan tersebut seperti yang pernah diutarakan anggota DPD asal Sumut Parlindungan Purba bahwa ada sekitar 100 ton pakan ikan yang masuk ke Danau Toba setiap harinya. Apakah semua itu terserap atau
dimakan oleh ikan yang ada di jaring kerambah tersebut? Dari hasil penelitian yang dilakukan pemerhati lingkungan hidup, bahwa ada sekitar 30% pakan ikan tersebut yang terbuang ke danau toba. Yang diyakini semakin memperparah ekosistem dan pencemaran air danau. Bahkan mereka mengatakan bahwa tingkat pencemaran Danau Toba sudah berada dalam tahap kritis. Jika tidak ditangani secara serius pencemaran ini akan menimbulkan gangguan pada kesehatan masyarakat setempat. Gangguan tersebut dapat saja mengakibatkan lemah otak. Salah satu indikator tercemarnya danau toba adalah meningkatnya kadar Nitrogen. Nitrogen tersebut bersumber dari protein yang terkadung dalam pakan ikan yang tidak terserap ikan yang terbuang ke Danau Toba. Nitrogen tersebut terpecah menjadi amoniak dan di ikuti perubahan menjadi Kalium. Zat ini akan sangat membahayakan jiwa manusia jika dikonsumsi. Gejala pencemaran tersebut sudah terlihat jelas seperti pada November 2004. Puluhan juta ikan Mas mati secara serentak yang di akibatkan oleh virus koi herpes. Awal 2008 juga meresahkan warga setelah menemukan banyak jamur pada kulit ikan. Yang lebih menkawatirkan lagi adalah ikan yang hidup bebas juga terjangkit virus. Bahkan menurut sumber dari tempat budidaya tersebut masih ada ikan mas yang ukurannya sama namun matanya lebih besar, bahkan menyeramkan.
